Le directeur de l'école est assisté par un conseil pédagogique et des études, organe consultatif pour la préparation des décisions relatives à l'enseignement dispensé. Le conseil est informé de tout projet ayant un impact sur la vie scolaire. Il peut être saisi par la direction de l'ENM de demandes d'instruction de questions touchant la pédagogie ou l'organisation des études.

Le conseil pédagogique et des études comprend :
- le directeur de l'école ou son adjoint, président,
- le directeur des études, vice-président,
- le directeur de l’enseignement et de la recherche,
- le directeur des ressources pédagogiques,
- les responsables des différents cycles d'enseignement,
- les responsables de chaque département thématique,
- le délégué élu par chaque promotion d'élèves.

Chaque membre du conseil dispose d'une voix. Le conseil peut se réunir en formation restreinte en fonction de l'ordre du jour. Le conseil se réunit, sur convocation de son président, à l'initiative de ce dernier ou à la demande d'un tiers au moins de ses membres. Le président peut convoquer toute personne dont il juge la présence utile au déroulement des débats.